In der nächsten Ausgabe desselben Wettbewerbs wurden RB Leipzig und Red Bull Salzburg jedoch in Gruppe B zusammengelost, um zum ersten Mal wettbewerbsmäßig aufeinander zu treffen. Salzburg war der Sieger in beiden Spielen zwischen den Vereinen (3: 2 in Deutschland, 1: 0 in Österreich) und gewann auch alle anderen Spiele, um die Gruppe anzuführen, während Leipzig nicht weiterkam, nachdem es gegen Celtic und Rosenborg weitere Punkte verloren hatte. Die Mitgliederversammlung des Vereins hat am 2. Dezember 2014 einstimmig für die Gründung einer Ausgliederung in Form einer GmbH gestimmt. Vorstandsvorsitzender Oliver Mintzlaff erklärte, dass der Wechsel vorgenommen worden sei, damit der Verein professionell aufsteigen und konkurrenzfähig bleiben könne. Die RasenballSport Leipzig GmbH ist zuständig für die Profimannschaft, die Reservemannschaft und die Herren-Nachwuchsmannschaften ab U15. Für die Gründung eines eingetragenen Vereins sind nach deutschem Recht mindestens sieben Mitglieder erforderlich.
Zur Verbesserung der Mitbestimmung im Verein sind fördernde Mitglieder mit einem Mitglied im Aufsichtsrat vertreten. Das Fanprojekt Leipzig betreibt eine Reihe von Zentren in Leipzig, die für Zwecke wie Freizeitaktivitäten, trombörse leipzig Gründung, Inhaltsprojekte, Malen und Erstellen kleinerer Choreografien, und als Treffpunkt. Für jeden Verein stellt die Organisation einen Sozialarbeiter oder Pädagogen zur Verfügung, der ausschließlich mit Unterstützern dieses Vereins arbeitet.
Vor der Saison 2015/16 investierte RB Leipzig weiter in die Stärkung des Teams und verpflichtete Davie Selke von Werder Bremen, Atınç Nukan von Beşiktaş, Marcel Halstenberg vom FC St. Pauli und Willi Orban vom 1. Selke wurde für geschätzte 8 Millionen Euro verpflichtet , Nukan für geschätzte 5 Millionen Euro und Halstenberg für geschätzte 3 Millionen Euro. In der Zwischenzeit wurde Joshua Kimmich an den FC Bayern München verkauft und Rodnei wechselte als Free Agent zu 1860 München. Auch beim inoffiziellen Schwesterklub FC Red Bull Salzburg wechselte RB Leipzig. Wie schon mehrfach in der Vergangenheit wurden drei Spieler ablösefrei verpflichtet, darunter der österreichische Nationalspieler Stefan Ilsanker. Zu ihnen gesellten sich Massimo Bruno und Marcel Sabitzer, die von einer Leihe zu RB Leipzig zurückkehrten.
RB Leipzig steht in der Kritik, angeblich als Marketinginstrument gegründet worden zu sein und die Kommerzialisierung des Fußballs in Deutschland auf eine neue Ebene gehoben zu haben. Der Verein wurde als „Marketingverein“, „Handelsverein“ oder „Plastikverein“ abgelehnt. Kritik findet sich sowohl im Management als auch bei Trainern und Anhängern anderer Vereine.
Über den zweiten Einspruch sollte der DFL-Lizenzausschuss am 15. Mai 2014 entscheiden, bevor er am 28. Mai 2014 endgültig entschied. Sportdirektor Ralf Rangnick bestätigte, dass der Club noch in Gesprächen mit der DFL sei, und äußerte sich optimistisch in Bezug auf die Lizenz . Der Kompromiss bedeutete, dass der Club sein Wappen neu gestalten und sicherstellen musste, dass die Clubverwaltung von der Red Bull GmbH unabhängig war.
Die Fangemeinde wird von fünf bis sieben Fanvertretern vertreten, die alle zwei Jahre gewählt werden. Maximal fünf Fanvertreter werden von den Vertretern der Fangruppen gewählt, zwei weitere Fanvertreter werden von der Mitgliederversammlung gewählt. Eine Kernfunktion der Fanbeauftragten ist es, als direktes Bindeglied zum Verein zu fungieren. Die Fanbeauftragten können beispielsweise Gespräche mit Vereinsverantwortlichen führen, um Wünsche, Anregungen und Kritik aus der Fangemeinde zu kommunizieren. Um die Arbeit der Fanbeauftragten aufzuteilen, hat der Fanverband zudem mehrere Arbeitskreise geschaffen. Die erste Hauptversammlung fand im November 2014 statt und versammelte 350 Unterstützer.
Bundesliga war die für die Lizenzierung zuständige Organisation nicht mehr der DFB, sondern die Deutsche Fußball Liga. Am 22. April 2014 gab die DFL ihre erste Entscheidung im Lizenzierungsverfahren bekannt. Eine der Auflagen war die Neugestaltung des Wappens, da das Wappen zu sehr dem Firmenlogo der Red Bull GmbH ähnelte. Eine zweite Anforderung war die Änderung der Zusammensetzung der Vereinsorgane.